Cześć od niedawna zacząłem pracować z menedżerem pakietów, mam pytanie czy np. zaciągnięte pakiety do wersji produkcyjnej (np. css sass) mam poprzesuwać do innych folderów czy mogę edytować pliki w lokalizacji "node_modules" ?

Zwykle z tych bibliotek korzysta się w swoim projekcie i całość buduje. Wtedy całego node_modules nie wrzucasz na serwer, tylko finalny build (który zawiera potrzebne pliki).