Cześć,
Potrzebuję zrobić primary key, który zawiera dwie kolumny np. numer_faktury i pozycja_faktury (AUTOINCREMENT). Wtedy silnikiem tabeli musi być MyISAM. Z drugiej strony MyISAM nie obsługuje transakcji, a tego tez potrzebuję. zeby mieć transakcję muszę mieć tabelę o silniku InnoDB (wtedy nie mogę zrobić indeksu, tak jak potrzebuję).
Czy jest jakiś sposób jak to obejść?

Czary: http://sqlfiddle.com/#!9/f82f1f/2

mając taką tabelę nie zrobię w pdo begin Transaction, coomit, rollback

Pokazałem Ci, że da się zrobić tabelę z PK z dwóch pól, z których jedno jest autoincrement. I na dodatek Engine InnoDB.

a czemu na pozycje_faktury musisz mieć autoincrementa?
- Jeżeli będziesz tego używał do wyświetlania w widoku elementów z faktury to wtedy będziesz miał dziury jak będzie rollback innej transakcji.
- Jeżeli nie będziesz tego używał do wyświetlania to lepiej zrobić tabelkę pozycje_faktury(id, faktura_id) oraz faktura(id, name, itd.) i zrobić one-to-many relację, a pozycje na fakturze wyliczać w locie w php - chyba że kolejnoś ma znaczenie ale to nadal możesz sortować po id.

Czemu nie tak?

http://sqlfiddle.com/#!9/ab48aa3/1