Cześć, mam klucz ssh-rsa do serwera z projektem, Jakiego narzędzia (ubuntu) użyć, by połaczyć się i odpalić komendę, modyfikować pliki?

Do połączenia zdalnego służy . Możesz potem będąc na serwerze modyfikować pliki.

Jeśli chcesz pracować nad projektem to pliki możesz przesyłać przez ftps (ftp po ssh). Czyli np FileZilla, albo jeśli korzystasz z jakiegoś IDE jak PHPStorm - to masz tam wbudowaną obsługę FTP i po prostu wysyłasz na serwer zmienione lokalnie pliki.