Mam plik php w którym jest mnóstwo htmla
czy dla lepszej wydajności skryptu / mniejszego obciążenia serwera itp. lepiej jest użyć:

[HTML] pobierz, plaintext 
<h3><?php echo $pageTitle;?></h3>
[HTML] pobierz, plaintext 

czy może w całości zapisywać taki kod w php:

[PHP] pobierz, plaintext 
//tu jakiś kod php, logika, itp.
echo "<h3>".$pageTitle."</h3>";
//tu reszta kodu php
[PHP] pobierz, plaintext 

zdaje sobie sprawę z tego że pokazany tu w pierwszej wersji jeden element nie będzie dla serwera problematyczny, ale jak tak "wyechowanych" różnych elementów byłoby 50-100 lub 500 na stronę?

Raczej pierwsza, przy czym 2 to

[PHP] pobierz, plaintext 
echo '<h3>'.$pageTitle.'</h3>';
[PHP] pobierz, plaintext 

" oznacza parsowanie kodu.

Obecnie nie ma większego znaczenia przy dzisiejszych wydajnościach serwerów.

Równie dobrze możesz stworzyć HTMLowy template i następnie podmieniać ciągi znaków na wartości przemielone w PHP.