1. W przypadku plików dołączany jest plik funkcją INCLUDE zawierający od razu zmienne i tablice z danymi. Ich pojemności nie są duże.

2. Wykonywane jest zapytanie do bazy, by pobrać wartości do zmiennych i tablic. W jednym pliku (MySQL na pewno) zapisywana jest cała tabela.

Co jest szybsze i dlaczego?

Tu już tak bardzo o te rozmiary plików nie chodzi, nie będą duże. Wg. mnie pliki mogą działać szybciej, ponieważ wystarczy dołączyć plik i zmienne z danymi lub tekst już są.
Jeśli się mylę, poprawcie mnie.

Na czym najlepiej oprzeć CMSa (by szybko działał) i dlaczego?

1. Mówisz, że rozmiary plików nie będą duże a chcesz na tym opierać CMSa?
2. Przy include dołączysz cały plik, nawet, jeśli nie wszystkie dane będąCi potrzebne. POmyśl, co będzie jak baza ssię rozrośnie a będziesz musiał dołączyć kilka plików...
Poza tym, jak wyobrażasz sobie zapis do takiej inkludowanej bazy (chodzi mi o szybkość działania)?

w bazach jest jeszcze indeksowanie, optymalizacja zapytan, relacje! itd i to wszystko masz pod reka.