W dwóch tabelach w phpMyAdmin (w części, gdzie widać listę wszystkich tabel) mam w kolumnie "Nadmiar" wpisaną pewną liczbę. Co to jest ten nadmiar?
Co powoduje operacja optymalizacji tabeli? Czy jest ona bezpieczna?

Jest to związane z optymalizcją tabel. By tego się pozbyć musisz uruchomić program myisamchk (myisamchk -r nazwaTabeli) lub wydać polecenie OPTIMIZE TABLE. Optymalizacja powoduje scalenie pogragmentowanych rekordów i wyeliminowanie pustych miejsc po usunięciu u aktualizacji rekordów. Cala operacje wykonuje serwer i jak pisze w manualu nic nie powinno się dziać złego. OPTIMIZE TABLE z tego co tam pisze naprawia tabele, analizuje klucze, sortuje drzewo indesków by przyspieszyć wyszukiwanie.