Nadmiary powstają zazwyczaj przy usuwaniu danych, zwłaszcza dużych ilościach, wtedy używa się właśnie optymalizacji a do tego służy polecenie:
OPTIMIZE TABLE `nazwa_tabeli`
Możesz je używać raz na kiedyś, czyli np codziennie, raz na tydzień, przez CRON'a, lub w skrypcie, po usuwaniu danych - polecam przez crona.