Jak prawidłowo umieścić kod java script w kodzie php,

php => Początkujący

Najlepiej w ogóle go nie umieszczać, bo i po co ma być w php?

hmm no to mi nie pomogło

konkretnie to potrzebyje zamiescić tam kod od gemiusa i gdy go wstawie to wystpuje sie,

No to go nie wstawiaj w php... innymi słowy: poza znaczniki php (<? ?>).
A jeszcze lepiej to trzymaj JS w osobnym pliku i go dołączaj tylko.