Tobie chyba chodzi o funkcję setTimeout a nie setInterval.
Chociaż powinieneś przerobić tak kod, żeby skorzystać z setInterval. Jak? Zajrzyj do dokumentacji( szukaj pod "MDC" ). A jeżeli sobie nie poradzisz to zgłoś się ponownie i napisz czy chcesz to zrozumieć czy potrzebujesz gotowca. Wtedy opiszę wszystko dokładnie(lub mniej przy gotowcu )

Pozdrawiam
--edit--
O widzisz - już dostałeś gotowca

--edit2--
@lukasz1985:Jeszcze przyczepię się do Twojego kodu.
W kodzie masz:
- document.getElementById("timer")
Ja bym użył zmiennej globalnej, gdzie zapisałbym referencję do tego elementu. Tak jak masz teraz to niepotrzebne marnowanie czasu na wyszukiwanie tego elementu co bardzo krótki czas. I tak wiem, że to prosty przykład i pewnie się bardzo nie starałeś, ale piszę to po to, że może w przyszłości będziesz pisał coś większego to wtedy warto robić takie optymalizacje

Kiedyś można było wyczuć różnicę gołym okiem, teraz są lepsze przeglądarki i komputery, ale takie dobre nawyki dobrze mieć.