Zakładając że posiadasz adresy e-mail rozdzielone znakiem nowego wiersza możesz użyć czegoś takiego.
<?php
$files = array('list_1.txt', 'list_2.txt'); //Nazwy plików z listami
foreach($files as $file)
{
}
file_put_contents
('out.txt', implode(PHP_EOL
, $emails));
W katalogu ze skryptem powinien pojawić się plik out.txt zawierający adresy e-mail które się nie powtarzają.