To zależy. Jeśli np. masz na swojej stronie jakiś system szablonów tak, że cała zawartość strony jest zawarta w jakiejś zmiennej php, to możesz zrobić bolesny trik (

nie jest to najładniesza rzecz ani pewnie najbardziej wydajna).
class Template
{
var $content;
// some dummy template class here
}
$tpl= new Template('file_with_a_template.tpl');
Zadziała, o ile cała zawartość jest w zmiennych php i nie ma tam encji html (inaczej zamieniłby np. ó = ó na ó)
Albo trzeba usiąść do kodu i stare dobre File & Replace.
edit:
albo jeśli linki generujesz dynamicznie, to tylko podmień tam gdzie je generujesz, np. w jakiejś pętli. Nie wiem, skąd je bierzesz, czy nie są np. wpisane na twardo w html'u, dlatego nic więcej podpowiedzieć nie mogę