Witam! Chce stworzyć stronę, tzn. to tak. Chciałbym aby kod PHP był w osobnym pliku a szablon w osobnym. Np. plik header zeby pobierał treść z pliku /szablony/header.html
jak to zrobić czego użyć?

Użyć jakiegoś systemu szablonów np. Twig?

A jak stworzyć od podstaw?

Obiektowo? Na początek MVC, w kontrolerze odczytujesz plik widoku (który jest plikiem np. html) i wysyłasz do niego zmienne np. w tablicy, zamieniasz je przez extract (warto byłoby użyć do tego osobnej klasy) która zamieni klucze tablicy, na zmienne które możesz użyć w html.
Tak najprościej. (nie używaj funkcji extract nigdzie indziej poza parserem szablonu, bo stworzysz lukę bezpieczeństwa).

W wielkim skrócie i uproszczeniu

1) Utwórz sobie np. tablicę z wartościami szablonu $tpl = array();
2) Przypisuj sobie do niej jakieś wartości np. $tpl['title'] = 'Strona Główna';
3) Na końcu kodu załaduj plik home.php
4) W powyższym pliku na początku załaduj header.php a na dole footer.php
5) W miejsce wyświetlania tytułu wstaw <?php echo $tpl['title']; ?>

Prawdopodobnie będziesz też potrzebował nadać $tpl wartość zasięgu globalnego (poprzez słowo kluczowe global) oraz użyć ob_start i ob_end_flush aby nie było ewentualnych błędów.

W przykładzie jaki podałeś nie będzie to potrzebne, poza tym zły nawyk.

Nie będzie potrzeba do czasu próby dodania elementu tablicy tpl wewnątrz jakieś funkcji dlatego użyłem słowa "Prawdopodobnie" .