Przyczyn tego może być wiele:
1 Zagubiony rollback, zmienne serwera, tabele tymczasowe, konfiguracja serwera i wiele innych
2 Aby to wyszukać możesz uruchomić serwer z opcją logowania wszystkich zapytań
3 Przeglądaj logi serwera
4 Pytanie brzmi czy rekordy z tabel znikają, czy dane przestają być wyświetlane. Jeżeli dane znikają zastaw pułapkę w postaci triggera ON DELETE. Jeżeli dane stają się niewidoczne zastaw pułapkę w Triggerze ON UPDATE
5 Może w strukturze bazy zaznaczono kaskadową aktualizację

6 Może jakiś event, cron robi coś z bazą
7 Może replikacja....
Jedno jest pewne: MySQL istnieje od wielu lat w różnych wersjach i działa na wielu poważnych aplikacjach.
Nie istnieje problem pod nazwą gubienie danych przez silnik mysql więc nie szukaj problemu w silniku, a w skrypcie lub konfiguracji serwera.