Mam pytanie w jaki sposób zabezpieczyć taki link:
http://user1.strona.pl

Przez taki adres wchodzimy od profilu użytkownik o nazwie user1 da się jakoś to zabezpieczyć czy gdy wykonujemy zapytanie do MySQL typu:

[SQL] pobierz, plaintext 
SELECT * FROM users WHERE login = '".$_GET['nick']."'
[SQL] pobierz, plaintext 

To jest jakaś możliwość narobienia bałaganu w MySQL jak ktoś zacznie coś modzić z takim adresem?

przede wszystkim regex.

Jakie masz znaki w loginie? [a-zA-Z0-9_-] ? No to masz odpowiedź.

Na forum jest temat o sqlInjection poczytaj to się dowiesz jak się uchronić przed atakami.