Witam,
jak zmienić silnik dla całej bazy? tabele zmienia się przez ALTER TABLE table ENGINE=InnoDB a nie znalazłem opcji dla całej bazy. Mam najnowszego PHPmyadmin

Chcesz ustalić na stałe dla przyszłych baz, czy zmienić tylko dla jednej?

Jak tylko dla jednej, to powinno wystarczyć:

[SQL] pobierz, plaintext 
SET storage_engine=MYISAM;
[SQL] pobierz, plaintext 

Jak chcesz ustawić domyślny typ to musisz edytować config.

To zapytanie które podałeś wykonuje się poprawnie ale nie zmienia typu bazy. Dalej został MyIsam.
Gdzie to jest w configu? Kiedyś wydaje mi się że dało się to zmienić w PhpMyAdmin ale nie mogę znaleźć tej opcji.

Jeżeli wpisałeś je tak jak podałem, to właśnie ustawiłeś na myisam

A do czego konkretnie potrzebujesz InnoDB ?