Mam nietypowy problem z php

Napisałem kod który porównuje 2 katalogi i wyciąga różnie pakując w diff-paczke. Problem polega na tym, że przy małych ilościach danych działa poprawnie, przy dużych się wysypuje z dość ciekawym błędem:
Kod
Fatal error: Maximum execution time of 0 seconds exceeded in /root/_PACKER-TESTER/core/diff.class.php on line 67
Linia 67 to wbudowana w php funkcja in_array() [if(in_array($path, $oldTree["files"]))], wydaje mi się, że przekraczam ilość CPU bo użycie pamięci jest na poziomie 2-3MB.
Czy to bug czy ja coś źle robię?

Log:
Kod
ne0:~/_PACKER-TESTER# php create.php
Warning: Directive 'magic_quotes_gpc' is deprecated in PHP 5.3 and greater in Unknown on line 0
Starting build compare
Creating tree of ./TEST/linux-2.6.35.9
Creating tree of ./TEST/linux-2.6.38-rc3
Searching for added or changed files
Progress: 28639/35866
Fatal error: Maximum execution time of 0 seconds exceeded in /root/_PACKER-TESTER/core/diff.class.php on line 67
Warning: Directive 'magic_quotes_gpc' is deprecated in PHP 5.3 and greater in Unknown on line 0
Starting build compare
Creating tree of ./TEST/linux-2.6.35.9
Creating tree of ./TEST/linux-2.6.38-rc3
Searching for added or changed files
Progress: 28639/35866
Fatal error: Maximum execution time of 0 seconds exceeded in /root/_PACKER-TESTER/core/diff.class.php on line 67