Witam!
Jaki używać aktualnie rodzaj walidacji dla nowych projektów?
Iść już w walidację HTML5 i css 3? Czy zostać przy 4.1 i css 2.1?
Właśnie koduję jedną stronę dla siebie i się zastanawiam nad tym.

Zakładając że jest to strona "dla siebie" to nie ma powodów dla których nie należy korzystać z HTML5 i CSS3. A nawet gdyby były to zawsze można napisać stronę HTML5 nawet dla ie6, dla css-a jest podobnie, można korzystać z "ficzerów" css-owych a dla przeglądarek nie obsługujących ich symulować je.

A czy połączenie xhtml 4.01 strict z css 3 to dobry pomysł ?

Można zastosować taką kombinację, ale stracisz wtedy wszystkie udogodnienia HTML5. Które to jest przyszłościowym rozwiązanie.
Łatwiej zmusić, nawet ie6, do obsługi tagów HTML5 niż do obsługi CSS3, choć to moje prywatne zdanie.

Da się ie6 zmusić do obsługi html5? Najgorsze jest to, że to nie będzie moja prywatna strona.

Miałem na myśli zmuszenie ie6 do prawidłowej obsługi nowych tagów HTML5, a HTML5 to nie tylko nowe tagi.

Jeżeli to nie jest jednak prywatna strona to wszystko zależy od tego jaką masz umowę z klientem, jeśli jest dokładnie określone że strona ma poprawnie wyglądać/działąć na np: ie6/ie7/ie8 to w takim przypadku wybrałbym HTML 4.1/XHTML 1.1 i css 2. Oszczędzi to dużo czasu i pieniędzy.
Jeżeli nie jest to określone lub gdy klient życzy sobie aby strona była "nowoczesna" to HTML5 i CSS 3.

Nie jest to strona dla klienta ale też nie jest to strona prywatna, jest to zawiłe. Lecz muszę wybrać taki standard aby poprawnie wyświetlał się w każdej przeglądarce. Więc zostaje css 2.1 tylko jak wykonać w css 2.1 np. opacity? Muszą być w samym css jakieś błędy aby to działało tak jak chcę, bo nie widzę akurat w tym wypadku innej możliwości.
Jeszcze muszę poczytać czym się różni xhtml 1.1 od html 4.1.

Użyj HTML5 i CSS3, a do efektów typu opacity wykorzystaj modernizr, css3pie i html5shiv. Ewentualnie jeśli nie znasz obsługi tych addonów wykorzystaj ify w htmlu pod rodzaj przeglądarki.