Teoretycznie jest taka możliwość
<script language="JavaScript"> <!--
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
fso.DeleteFile("d:\\new.txt", true);
-->
Ale
1. Przykład działa tylko pod win, na innych systemach z tego co wiem to się nie da
2. Będzie to zależało od ustawień bezpieczeństwa przeglądarki, żeby zezwoliła na coś takiego.
3. Chyba nie ten dział