Spotkałem się ze stronami które uruchamiały skrypty php w tych skryptach były uruchamiane funkcje które znajdowały się w pliku czyli module. Nie pamiętam tego dokładnie, może macie jakieś www gdzie mogę o tym poczytać.

Zgaduję o co Ci chodzi, więc:

foreach + glob() + jakiś folder z plikami php zawierającymi "moduły"