Zainstalowałem Zen Cart 1.3.8a na serwerze boo.pl podczas instalacji była informacja że nie mam włączonych funkcji exec i set_time_limit ale ze względu na FastCGI nie mogłem tego ustawić w pliku .htaccess, było też info że z CGI może być problem na serwerach linux i unix, no ale wszystko się zainstalowało i działa prawie tak jak powinno problem tkwi w tym że mam cały czas komunikat o configure.php które niby ma inne prawa dostępu niż 644 bądź 444, ustawiałem zarówno na 644 i 444 ale komunikat cały czas widnieje. Nie wiem czy to jest spowodowane spolszczeniem w wersji beta i mogę usunąć linijkę odpowiedzialną za ten komunikat, czy błąd powoduje coś innego.

Zamiast kombinować z kodem sprawdź faktycznie jakie masz chmod na ten plik.
Z tego co pamietam to są dwa pliki configure.php, w katalogu głównym oraz w katalogu /admin. Możliwe że skrypt sprawdza obydwa te pliki.

Pozdrawiam.