Chciałbym pobrać od php, kod javascript, który zostanie wykonany po jego pobraniu, czy jest to możliwe, jak to zrobić?

Funkcja eval() w JS. Pobierz Javascript w postaci stringa a następnie umieść ją jako parametr w funkcji eval(). Na przykład:
eval("wykonaj(jakas(funkcje(++zmienna)))");

A jeśli pobierasz ten javascript tylko raz, niezależnie od akcji użytkownika na stronie, to najlepiej wczytać już w momencie osadzenia:
<script type="text/javascript" src="dawajJS.php"></script>

Pozdrawiam