Po prostu wszystko dzielisz na trzy kategorie: operacje na danych, pobieranie-udostępnianie danych, wyświetlanie danych (kontroler,model,widok). Kontroler ma wybierać model, dać go do widoku, widok z modelu ma wziąć dane i zapakować je w coś przyjemnego dla oka

MVC to po prostu pewna konkretna abstrakcja sposobu działania aplikacji, uporządkowania czegoś, nałożenia pewnych zasad jak i ograniczeń. Tego typu wzorce projektowe mają dwa podstawowe cele: umożliwiać przystępną rozbudowę (o kolejne abstrakcyjne wymysły, lub wprowadzanie np nowości w php, np wyobraź sobie, że chcesz wprowadzić przestrzenie nazw) no i ułatwiać pracę w grupie. Wolałbyś pracowac z np 10 osobami na czymś strukturalnym czy na takim ładnym, estetycznym, podzielonym na warstwy kodzie z interfejsami, klasami abstrakcyjnymi, z hermetyzacją, gdzie kod sam Ci mówi w jaki sposób działa i czego masz z nim nie robić przypadkiem?

Próbuj to ogarnąć, w końcu to "poczujesz" i załapiesz.
Tak samo jak masz bardziej złożone wzory matematyczne, ktoś je ułożył raz, byś Ty mógł ich używać i wykonywać obliczenia do których "zmusza" Cię ten wzór, zostały one przewidziane przez jego autora. Ufam, że kojarzysz wzór na deltę funkcji kwadratowej

Niby na 1 rzut oka nie wiadomo skąd te zależności w nim, ale stosując go właściwie masz pewność że otrzymujesz dobre wyniki bez rysowania sobie na kartce wykresu funkcji, prawda? To właśnie programowanie strukturalne jest takim mozolnym zaznaczaniem punktów i ich łączeniem a ten wzór taką przejrzystą zależnością pomiędzy składowymi (wzorce projektowe, obiektowe programowanie).