Jakie powinny być elementy rejestracji...

Czyli co mam pisać w :
- index.php
- rejestracja.php
- logout.php
- konfiguracja.php
- i czy jeszcze jakieś powinno być ?

Takie jakie chcesz.

może jeden plik na przykład o nazwie useraccount.php i za pomocą $_GET kieruj akcje czy logować czy może wylogować - możesz też dodać inne parametry w postaci 'wyślij nowe hasło', itp.