Witam!
Mam 2 czasy, jeden z bazy danych, drugi aktualny ale czas z serwera, a nie z systemu operacyjnego. Potrafię napisać javascript który będzie odliczać czas do pobranej z bazy dany daty, ale wykorzystuje on czas systemowy, który łatwo oszukać zmieniając godzine w systemie. Chciałbym, żeby obliczał on różnice między czasem z bazy danych, a aktualnym serwerowym czasem. W jaki sposób się za to zabrać?

Możesz napisać w PHP kod, który dopiero wyświetla kod JS. W sensie:

[HTML] pobierz, plaintext 
<script type="text/javascript">
<?php
echo 'var data_serwera = '.date().';';
?>
alert(oblicz_costam(data_z_bazy_wczesniej_zadeklarowana,data_serwera));
</script>
[HTML] pobierz, plaintext 

OK, ale wczytana data przez php jest jakby stała i z upływem sekund nie bedzie sie zmieniać. Jak sobie z tym poradzić?

Masz datę i czas zapisane w zmiennej w JS utworzonej przez PHP. Zmienna jest możliwa do modyfikacji (!) i to na niej operujesz. Komenda echo w PHP nadaje tej zmiennej wartość początkową, i tyle.