I w pliku i w bazie można bez większego problemu zmieniać konfigurację. Możesz mieć ją w bazie, tyle że wtedy jak będziesz zmieniał dane do połączenia się z bazą? Najlepiej te podstawowe informacje trzymać w pliku, a taki plik można bardzo łatwo zapisać, w zależności od tego jaki to miałby być plik.
Od czasu jak poznałem yaml, innego sposobu na konfigurację nie używam. Bardzo wygodny i czytelny zapis. Kilka rzeczy dodajesz i powstaje całkiem sensowna konfiguracja. Oczywiście taką konfigurację trzeba cachować