Witam

Posiadam formularz GET który tworzy link index.php?a1=1&a2=2
zastosowałem htaccess dla stworzenia linków które powoduje wyświetalanie przyjazne czyli /1/2/
jednak po wysłaniu formularza pojawia się index.php?a1=1&a2=2 a chciałbym aby był odrazu link już jako "przyjazny" dlatego zrobiłem przekierowanie header, tylko czy takie podstrony będą indeksowane przez wyszukiwarki czy jest inne rozwiąznie?

No to jest ten problem z formularzami wysylanymi GETem... Musisz to tak słać?
Od biedy moglbys w js zamieniac ten link tuz przed wyslaniem na ładny, tylko czy to by było dobre rozwiązanie to nie wiem.
Twoje rozwiązanie z HEADER nie powinno byc problemem dla wyszukiwarek, pod warunkiem, ze ustawisz właściwe nagłowki podczas przekierowania

mam wstawione takie coś

[PHP] pobierz, plaintext 
$ix = strpos($_SERVER['REQUEST_URI'], 'a1=');
if ($ix !== false)
{header('Location: <a href="http://strona.pl/'.$_GET" target="_blank">http://strona.pl/'.$_GET</a>['a1'].'/'.$_GET['a2'].'/ '); }
[PHP] pobierz, plaintext 

budzi to jakoś wątpliwości?

Nie liczac faktu, ze bbbcode jak zwykle nie poradzilo sobie z adresem http:// w kodzie php, to raczej wszystko powinno byc ok.