Mam taki kod JS:

[PHP] pobierz, plaintext 
function zbieranieZnakow(){ // tworzę funkcję zbieranieZnakow
    var x = document.getElementById("pole").value;  //pobranie wartości pola uzupełnianego przez użytkownika                                                                                                      
    var duze = x.toUpperCase(); // w bazie mam wszystko dużymi, więc powiększam to co użytkownik wpisze.
    var dlugosc = x.length; // dlugosc znaków wprowadzonych przez użytkownika
    var i = 0; 
   var kompletZnakow = array();
    while(i<dlugosc){
        var index = Tablica.indexOf("x[i]"); // dla każdego elementu tablicy zbieram jego index zapisując w zmiennej index
        index++; // zwiększam go ponieważ to czego szukam jest w indeksie o jeden większym
        kompletZnakow = Tablica[index];  // dodaje do tablicy 
        document.getElementById('znaki').innerHTML="Znaki: kompletZnakow[i]"; //do diva "znaki" zmieniam zawartość "Znaki: wyświetlam aktualny znak" wyświetla tylko dla testu
        i++;
    }    
}
function wykonaj(){ // funkcja wykonująca się jak zostanie coś wpisane w pole input type="text" 
    var x = document.getElementById("pole").value;  //wartość wpisana w input                                                                                                       
    var duze = x.toUpperCase(); //powiększam litery
    var dlugosc = x.length; //dlugosc stringa
    zbieranieZnakow(); // odwołuję się do funkcji powyżej                       
    document.getElementById('wynik').innerHTML="Twoje zdanie w Morsie:<br />" + kompletZnakow[0] ; // to zamienia diva (i działa przed dodaniem funkcji wiersz wyżej"
}    
[PHP] pobierz, plaintext 

Moglibyście obejrzeć ten kod i może znajdziecie jakiś błąd

Coś wyskakuje w firebug-u?

Zero błędów według firebuga.

W linii 16-18 inicjujesz zmienne, których nie używasz w tej funkcji.
W linii 20 odwołujesz się do tablicy kompletZnakow, która w tej funkcji nie jest zainicjowana (a tym bardziej zadeklarowana).
Linia 6, nie tak się inicjuje zmienne tablicowe w JS.
Linia 8/10 nie ma nigdzie zainicjowanej zmiennej Tablica.
Linia 8, na pewno nie tak się szuka indeksu elementu.
Linia 9, skoro szukasz indeksu elementu o indeksie i, to na 100% ma indeks i, a następny ma indeks i+1.
Linia 10, nie tak się dodaje element do tablicy.
Linia 11, nie tak się wyświetla element z tablicy.
Funkcja zbieranieZnakow nic nie zwraca.
W tym przykładzie nie wywołujesz funkcji wykonaj.