także mam taki kod:

[PHP] pobierz, plaintext 
function winModal(am)
{
	document.write('<div class="modal modal1 fade winmodal" id="winModal' + am + '" tabindex="-1" role="dialog" aria-labelledby="myLargeModalLabel">');
	document.write('<div class="modal-dialog modal-dialog1 modal-lg">');
	document.write('<div class="modal-content modal-content1">');
	document.write('<div class="modal-body modal-body1">');
	document.write('<H2>Congratulations!</H2>');
	document.write('...');
	document.write('...');
	document.write('</div>');
	document.write('</div>');
	document.write('</div>');
	document.write('</div>');
 
	$('#winModal' + am).modal('show');
}
[PHP] pobierz, plaintext 

wszystko działa (tworzy się modal i wyswietla) póki używam tego np. na końcu pliku jako winModal(100), problem zaczyna się gdy chce to dodać do guzika - cala strona znika, zostaje tylko modal (i to wyswietlany bez css).
wiem dlaczego tak sie dzieje (document.write nadpisuje zawartosc strony jesli jest juz wczytana), chcialbym sie dowiedziec czym to zastapic. probowalem innerHTML, ale wtedy modal się nie wyświetlał
jakies porady?

Bo to źle jest. Document.write tak właśnie działa. Zapisz to normalnie jako HTML (modal domyślnie ma block:none więc jest niewidoczny).
Do buttona daj tylko:
$("#button").click(function(){$("#winModal" + am).modal("show");