Dlaczego strony php są tworzone ze pomocą podstron w '$_GET', przecież każda strona w osobnym pliku to jest duży większy ład i porzadek, a tak jest jeden plik po pare tysięcy linijek kodu.

Po to, by znacznej czesci kodu nie dublowac -> np. jakiegos naglowka, stopki, inicjalizowania sesji itp.
Powszechnie stosowana praktyka jest tworzenie jednego pliku, ktory odpowiada za serwowanie tresci (router) na podstawie przeslanych mu parametrow ($_GET), przy czym nie jest powiedziane, ze tresc te musi miec zawarta w sobie a nie w zewnetrznych plikacj (require(), include())

jedno nie wyklucza drugiego można przecież stworzyć klase, i każdą podstrone w osobnym pliku.

To wlasnie napisalem - w index.php router (lub include/require jego klasy) + w zaleznosci od wartosci $_GET include/require innych plikow. Na przykladzie:
index.php

[PHP] pobierz, plaintext 
[KOD NAGLOWKA]
<?php
switch($_GET['strona']){
 case 'news': require('news.php'); break;
 case 'gallery': require('gallery.php'); break;
 default: require('startowa.php');
}
?>
[KOD STOPKI]
[PHP] pobierz, plaintext 

i kodu w routerze jest tylko tyle i koniec. Chyba, ze Twoje pytanie brzmialo "dlaczego strony PHP tworzone sa tak, ze WSZYSTKO pakuje sie do jednego pliku i po nim skacze instrukcjami sterujacymi". Odpowiedz: "nie sa tak tworzone a Ci ktorzy to robia, robia to zle"

Ja bym proponował inne rozwiązanie, gdyż switch przy 100 linkach nie będzie efektywny.

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
if (!empty($_GET['page'])) {
$file = $_GET['page'].'.php';
if (file_exists('dir/'.$file)) {
include('dir/'.$file);
}
}
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

Ja jeszcze używam wyrażeń regularnych np.
Nazwa podstrony może zawierać tylko: a-zA-Z0-9 i musi mieć przynajmniej 3 znaki (np. faq, krótsze nazwy nie są potrzebne)

^[a-zA-Z0-9]{3}$

Chyba tak to leciało. ;d