Jesteś pewien, że kodowanie zostało źle zapisane w MySQL? Jakim programem to sprawdzasz? U mnie kodowanie zawsze jest ok, nie ważne czy wprowadzam UTF, windows, ISO ... to nie powinno mieć przecież znaczenia. Problem może być z odczytem i tutaj właśnie pojawia się to domyślne kodowanie, które ma się wyświetlać w kliencie mysql. Natomiast jeśli robisz to przez apache to tutaj szukałbym problemów, a nie w samej bazie.
Przynajmniej tak mi się zdaje