Jak zrobić backup plików zapisując wszystko do jednego pliku? Oczywiście chodzi o to, by był jak najmniejszy, bo utworzenie bardzo dużego pliku jest proste (serialize,json na arrayu nazwa_pliku=>treść). ZipArchive wystarczy, czy jest coś lepszego?

Po co sobie życie komplikować?

tar | gzip - są w systemie (zakładam, że to Linux). Z poziomu PHP ustalić tylko ew. nazwy plików backupowanych i nazwę pliku wynikowego i tyle.