Może tak będzie mi łatwiej powiedzieć co chcę, mamy kod:

[PHP] pobierz, plaintext 
$spr = mysql_query("SELECT A FROM Arkusz1 WHERE A IN ($wartosc) ");
[PHP] pobierz, plaintext 

Gdyby w $wartosc była np. (2010, 3020, 3010) i te wartosci by istniały w bazie zwróciłoby nam właśnie te wartości.

Moje pytanie: Jak na IFie sprawdzić czy te wartości istnieją ?

ja bym zrobił tak:
1. do jednej tablicy wrzucił wartości szukane, czyli te, które wstawiasz do IN()
2. do drugiej tablicy wrzucasz pobrane, czyli jak w pętli while() odbierasz rekordy to ID wrzucasz dodatkowo do tej tablicy
3. potem porównujesz te tablice funkcją http://www.php.net/manual/en/function.array-diff.php i dostajesz tablicę z wartościami, które nie zostały odnalezione w bazie