Siedzę nad modelem swojej gry przeglądarkowej już jakiś czas, myśląc jak wszystko rozplanować, żeby w przyszłości nie żałować.

Obecnie aplikacji wygląda mniej więcej tak:
1. index.php tworzy obiekt Controller, który trzyma w sobie $_GET['subtopic'] i $_GET['action'],
2. index.php includuje view/view.php
3. view.php ładuje Smarty, pobiera subtopic i action z controllera, sprawdza ich poprawność oraz czy powiązane z nimi pliki istnieją, tworzy połączenie z bazą danych, rozpoczyna sesję, includuje odpowiedni subtopic (index/account/game.php)
4. zaincludowany plik z subtopicem ma switch'a, który includuje odpowiedni plik akcji (login/logout/newaccount.php), jeżeli jest potrzeba to tworzy nowy obiekt (player/account)
5. ostatecznie zwracany jest output w formie zmiennej $content, która jest przesyłana do smarty i wyświetlana.

Struktura folderów i plików:

[PHP] pobierz, plaintext 
G:\WAMP\WWW\THEGAME2
|   index.php
|   
+---controller
|       Controller.php
|       
+---model
|       account.php
|       mysql.php
|       player.php
|       
\---view
    |   view.php
    |   
    +---Smarty
    |   |   debug.tpl
    |   |   Smarty.class.php
    |   +---plugins
    |   |      ...............
    |   |       
    |   +---sysplugins
    |   |       ..............
    |   \---templates
    |       |   layout.tpt
    |       |   
    |       +---cache
    |       +---configs
    |       +---images
    |       \---templates_c      
    \---subtopics
        |   account.php
        |   game.php
        |   index.php
        |   noExists.php
        |   
        \---actions
                login.php
                logout.php
                newAccount.php
[PHP] pobierz, plaintext 

I teraz moje pytanie - jak lepiej powinno być to zorganizowane? Pytanie dość ogólne, ale mam nadzieję, że ktoś poświęci chwilę czasu aby się rozpisać.

Poczytaj o mvc

Czytać czytałem, co po nazwie folderów głównych widać, tylko przy praktyce mam wątpliwości

ostatnio testuje taki układ:
public_html:
-index.php
-files:
-css:
-js

config:
-config.php
-route.php

library:
init.php
-class:
--klasa.php
-functions:
--funkcja.php

app:
-default:
--controllers
--models
--views
-modul1:
--controllers
--models
--views

cron:
-skrypt_crona1.php

ajax:
-skrypt_ajaksa.php

logs:
-logi_typ_a:
--log.log

temp:

Oczywiście routing odpowiada za uruchomienie odpowiedniego modułu.

Nie radzę używać smarty jest powolne i przestarzałe, jeżeli zależy ci na wydajności same widoki wystarczą