Robię skrypt sondy. Czy jeśli zastosuję w pliku konfiguracji skryptu stałe zamiast zmiennych, to zwiększy to bezpieczeństwo?

to nie ma znaczenia

niemniej jednak, jeżeli wiesz że pewna wartość na pewno nie powinna się zmieniać w trakcie działania skryptu, warto zastosować stałe.