Jeżeli masz jeden plik do obsługi całej aplikacji - zakładam że przekierowujesz ruch w htaccess. Jeżeli tak, to pokaż zawartość htaccess tutaj. A no i w listowaniu katalogów, z poziomu htaccess (czyli ustawień apache) można niektóre pliki wykluczyć z listowania poprzez:
Kod
IndexIgnore *.gif *.jpg
Więc warto sprawdzić czy gdzieś w htaccess, czy samej konfiguracji apache nie masz czegoś co wyklucza z listowania pliki php (czy jakich tam potrzebujesz).