Hej, mam taką funkcje php

[PHP] pobierz, plaintext 
function Cofaj($do){
    echo "Cofam do: ".$do;
}
[PHP] pobierz, plaintext 

ale chce by ta funkcja aktywowała się po minięciu czasu z js.
Próbowałem to zrobić tak:

[HTML] pobierz, plaintext 
window.onload = setTimeout(Cofaj(<?echo $_GET['id']?>), 3000);
[HTML] pobierz, plaintext 

Ale to wgl nie działa i nie wiem jak do tego podejść bo pierwszy raz próbuje js :/

Możliwe, że nie do końca rozumiem co próbujesz zrobić natomiast najprawdopodobniej powinieneś poczytać o różnicach działania php i javascriptu.
Chcesz tutaj chyba wywołać PHP asynchronicznie. Poczytaj sobie o działaniu ajaxa i prostym użyciu ajaxa w jquery, to chyba będzie najłatwiejsze rozwiązanie.

W dużym skrócie można powiedzieć, że PHP wykonuje sobie coś na serwerze i wynik wraca do ciebie. Więcej nie masz z nim styczności do czasu ponownego odświeżenia strony.
Javascript wykonuje się u ciebie w przeglądarce. To oznacza, że musisz sprawić aby javascript po odliczaniu zmusił serwer do odpowiedzi.
Masz kilka wyjść: jednym z nich jest po odliczaniu przekierowanie na inną stronę z funkcją php. Innym rozwiązaniem jest użycie ajaxa, który nie wymaga refresha strony.
Jquery pomoże ci zapisać wszystko dużo szybciej i prościej, bo czysty js jest dosyć trudny do ogarnięcia (przynajmniej dla mnie )

Nie wywołasz bezpośrednio z przestrzeni kodu javascript funkcji napisanej w języku php, możesz natomiast taką funkcję wrzucić do kontrolera lub osobnego pliku i wykonać żądanie ajaxowe do akcji tego kontrolera/do pliku i pobrać wynik zwracany przez tę funkcję phpową.