Czy istnieje metoda która pozwala sprawdzić z jakiego url za pomocą filet_get_contents('http://strona.com/mojskrypt.php'); wyświetlono zawartość ? HTTP_REFERRER nie wchodzi w grę gdyż dla file_get_contents() zawsze jest pusty

Nie ma takiej możliwości. file_get_contents poprostu pobiera treść HTML z danego adresu URL nie wysyłając żadnych danych identyfikujących. Poza tym, to serwer sam z siebie wysyła żądanie a nie dana strona, więc funkcja ta nawet nie wie pod jaką domeną się znajduje.

Jeśli potrzeba Ci taka funkcjonalność masz dwie opcje. Albo użyć tej funkcji, ale dodać parametr GET: file_get_contents('http://strona.com/mojskrypt.php?referer=www.domain.com'), albo użyć CURL i w tedy również podać referer.