Pierwszy przykład powinien działać. Czy wewnątrz tagu są znaki nowej linii? Jeśli tak, to musisz dać flagę
s.
Cytat z
dokumentacji flag wyrażeń regularnych w PHP:
Cytat
If this modifier is set, a dot metacharacter in the pattern matches all characters, including newlines. Without it, newlines are excluded. This modifier is equivalent to Perl's /s modifier. A negative class such as [^a] always matches a newline character, independent of the setting of this modifier.
Czyli to powinno wtedy działać:
$content = preg_replace('/<ISSN IssnType=\'Print\'>.*?<\/ISSN>/s', '', $content);
Jeśli dalej nie działa, to gdzieś się kopnąłeś we wzorcu.