Mam ustawione w php.ini
max_input_vars = 4000

wyświetlam jaką mam dopuszczalną długość:

[PHP] pobierz, plaintext 
echo ini_get('max_input_vars');
[PHP] pobierz, plaintext 

dostaję 4000
a jak mam zmienne w linku:
?a=CosTam,BardoDlugiegoETC...

to zmienną a i tak ucina mi po 1000 znaku... dlaczego?
da się i jak to zmienić?

To zależy również od przeglądarki.
Użyj metody POST.

znalazłam przyczynę - baza danych ucina po 1000 znaku... group_concat

[SQL] pobierz, plaintext 
SET GLOBAL group_concat_max_len = 4000;
[SQL] pobierz, plaintext 

rozwiązuje problem - mam nadzieję