<!-- Poczatek nawigacji -->

<div id="nawigacja">

<a href="index.php?wyswietl=stronaglowna" target="_blank"><img style="border: 0px solid #000000; margin: 0px; float: right; width: 100px; height: 36px" src="grafika/index.gif" alt="Index" title="Index" width="100" height="36" /></a>

</div>

<!-- Koniec nawigacji -->

#nawigacja {
color: #000000;
padding: 10px;
background-image: url("grafika/gornaczesc.gif");
}

Jeśli ten float ma tu tylko służyć do wyrównania do prawej to zamień go na margin-left: auto; i dopisz display: block;
A jeśli jesteś bardzo przywiązany do tego floatu to najlepiej będzie przed zamknięciem diva dopisać jakiś element z clear: both, np: <br style="clear: both;" />

#nawigacja {
color: #000000;
padding: 2px;
background-image: url("grafika/gornaczesc.gif");
}

<div id="nawigacja">

<a href="index.php?wyswietl=stronaglowna"><img style="border: 0px solid #000000; margin-left: auto; width: 100px; height: 36px" src="grafika/index.gif" alt="Index" title="Index" width="100" height="36" /></a>

</div>