Znacie jakiś srypt, aby klikając na linki w menu, odświeżała się nie cała strona, ale fragment jej?? (mam na myśli taki inframe)

ajax - to jest to czego szukasz.

Ja od siebie dodam, że zastosowanie technologii Ajax (i ogólnie twojego pomysłu) do menu nawigacyjnego to, moim zdaniem, zły pomysł. W ten sposób uniemożliwiasz użytkownikowi m.in. skorzystanie ze "Wstecz" w przeglądarce oraz nie jest możliwe podawanie bezpośrednich linków do poszczególnych podstron. Przemyśl jeszcze raz swój pomysł...

Ja się nie zgodzę. Bezpośrednie linki to akurat nic trudnego nie jest powiedziane, że podstrony mają ładować się tylko po kliknięciu w link. Można bazować na url z przeglądarki, a co już z tym można robić to raczej nie musze tłumaczyć.

Problem jest przy wstecz, ale to też da się obejść implementując własny mechanizm cofania strony, a nie korzystając z tego przeglądarkowego.

A strona za to jest pięknie interpretowana przez roboty i pozycjonowana jak żadna inna. Nie mówiąc już o tak zwanym usability

Chociaż to już zależy czego oczekuje w tym względzie user ^^

Po pierwsze nafaszerowanie AJAXem strony i olanie użytkownika to błąd. Godzi się w ten sposób w wspomniane usability i accessbility. Nie mniej jednak dobre napisanie aplikacji w prosty sposób gwarantuje obejście tego problemu.
Nie widzę problemu, żeby linki miały swoje adresy (href="") oraz były do nich zapięte dodatkowo akcje JavaScript wywołujące żądania AJAXowe. Wilk syty i owca cała. Aplikacja będzie miała swoje linki bezpośrednie i będzie działała bez JavaScriptu choć tak naprawdę niewiele osób sobie zdaje sprawę jaki procent internautów faktycznie nie ma tego JavaScriptu. Pomijalny margines poniżej procenta więc nie ma się czym za bardzo przejmować.

A z funkcją wstecz najlepsze framweorki JavaScriptowe już dawno sobie poradziły więc nie ma co wszczynać alarmu.