Tabela tags zawiera kolumny:
1) Aktualizacja tagów dla określonego obiektu

Usuwamy tagi:

[SQL] pobierz, plaintext 
DELETE FROM tags WHERE ID=? AND TYPE=? AND tag NOT IN(...)
[SQL] pobierz, plaintext 

Wstawiamy nowe:

[SQL] pobierz, plaintext 
REPLACE INTO tags (ID,TYPE,tag) VALUES (?,?,?)
[SQL] pobierz, plaintext 

Aby skorzystać ze składni REPLACE INTO, musiałbym utworzyć klucz podstawowy zawierający 3 pola:
+ ID
+ TYPE
+ tag

Czy takie rozwiązanie nie spowoduje jednak spadku prędkości wydobywania rekordów z tabeli?

Dane wyciągam na 2 sposoby - w instrukcji WHERE podając (ID i TYPE) albo tylko (tag).

Jakie indeksy powstawiać? Wyzwalaczy na razie nie chcę używać.

A INSERTem to już nie możesz?

Mogę, ale wtedy więcej roboty.

W przypadku REPLACE słowo kluczowe dla danego obiektu będzie istnieć w bazie tylko RAZ

To zrób wcześniej selecta by sprawdzić czy tag istnieje, czy nie i spokój. Im prostsze zapytania tym lepiej - łatwiej je napisać, sprawdzać, czy zmieniać.

Po co tak się męczyć? Czy nie wystarczy zwykły unique lub primary zrobić na tych 3 kolumnach, co zresztą sam sugerowałeś na starcie? Jeśli ktoś doda identyczny to baza nie pozwoli bo juz bedzie mieć taki indeks. A w razie czego INSERT ... ON DUPLICATE UPDATE wystarczy i nie ma zabaw z REPLACE, które z tego co kojarzę jest wolniejsze, bo musi sprawdzić, usunąć i dodać, zamiast tylko sprawdzić i poprawić.