Witam mam taki problem ponieważ kod napisany w pajączku wyświetla się poprawnie a gdy otworze tan sam kod w notepad++ jest pełno nowych pustych linni.
a w zwyklym notatniku za miast nowych linii są kwadraciki

Każdy może mieć inną interpretację znaków końca linii. ustal jeden format i jeden edytor i trzymaj się go. Mi też skakanie pomiędzy edytorami tak skutkowało. na szczęście w Notepad++ możesz ustalić jaki standard ma stosować.

Z tym że ja zajmuje się kodowaniem www od strony php/mysql i używam notepada++ a koleś który zajmuje się wyglądem strony html/grafika używa pajączka :/
Może da się coś ustawić w tym i tym edytorze aby było dobrze ten plik kktóry on mi wysyła jest w UTF-8

No przeciez thek ci powiedział co macie zrobic....
Macie uzywac tego samego standardu konca linii - zapewne mozna i tu i tu to ustawic.
Koles pewnie uzywa standardu windows (\r\n) zas twoj notatnik standardu linux (\n). Uprzedzając pytanie: tak, na windowsie edytory też mogą uzywac standardu linux do zapisu nowych linii

Przykładowo dla kodowania utf-8 (bez 'bom'), oraz przy ustawionych formacie znaków końca linii na "Windows" ustawiasz:
Notepad++:
menu: Format->koduj w UTF-8 (bez BOM)
lub Ustawienia->Preferencje, w zakładce Nowy dokument wybierasz Kodowanie: UTF-8 bez BOM, oraz Format: Windows.

W pajączku tworzysz nowy serwis, w którym podajesz ścieżki do folderu głównego (serwisu), w którym edytowałeś plik w Notepad++.
Następnie w menu:
Serwisy->Własności serwisu->Własności serwisu wybierasz zakładkę dokumenty i ustawiasz:
Domyślne kodowanie dokumentów w serwisie: UTF-8,
Domyślne kodowanie znaków końca linii w serwisie: CRLF (DOS/WINDOWS)

Przy takich ustawieniach edytujesz dokument bez problemu w obydwu edytorach.

Myślę, że można także w pajączku ustawić kodowanie i format znaków końca linii dla pojedynczego dokumentu, ale to musisz posprawdzać (sam zainstalowałem przed chwilą demo pajączka, żeby przetestować jego możliwości).