Jeśli nie znasz żadnego, a projekt trzeba zrobić szybko - Wordpress.
Jeśli masz serwer współdzielony do dyspozycji - Wordpress lub Drupal 6 + Ubercart
Jeśli masz dedyka i czas - możesz nawet walić w Drupala 7 Commerce
Drupal 6 nie ma automatycznych aktualizacji sam z siebie - będziesz musiał doinstalować co nieco.
Drupal 7 ma automatyczne aktualizacje modułów dodatkowych; nie aktualizuje automatycznie rdzenia.
Jak Wordpress - nie wiem.
Na Wordpressie stawiane są zaplecza - więc się pozycjonuje.
Drupal jest uznawany za jeden z lepszych CMS'ów pod względem SEO - wymaga to jednak doinstalowania dodatkowych modułów.
Worpress ma więcej gotowych skórek. Natomiast mało do e-sklepów.
Drupal też ładne, ale trudno znaleźć i jest ich mniej.
Na Drupalu stoi whitehouse.gov i parę innych stron typu .gov - np. Miasto Londyn
Ale z Worpressa też korzystają duzi

Ogólnie Worpress jest sporo prostszy.
Z Drupalem pracuję już prawie 3 lata i nadal potrafi mnie zadziwić, mimo że wersja 7 jest dalece bardziej user-friendly.
Moim wyborem byłby bezsprzecznie Drupal. Natomiast jest to system, do którego trzeba potężnie przysiąść, żeby się go nauczyć.