Z tego co zrozumiałem chodzi Ci o to, że funkcja poruszanie_lewo może zostać odblokowana dopiero po zakończeniu odliczania, czyli:
var blokujPoruszanie = true;
function odliczaj_komunikat(o,sek){
o.innerHTML=sek
if(sek>0) setTimeout(function(){odliczaj_komunikat(o,--sek)},1e3)
if(sek==0){
blokujPoruszanie = false;
document.getElementById('lokacja_komunikat').style.display = "none";
}
}
function przyklad1(){
odliczaj_komunikat(document.getElementById('odliczanie'),4)
}
function poruszanie_lewo(){
if(!blokujPoruszanie){
var a = document.getElementById('gracz')
var pol = a.offsetTop
a.style.top = pol-32+'px'
a.style.backgroundImage='url(../grafika_gry/bohaterzy/rasa1/1/2.png)'
}
}