Jak w temacie czy jest narzędzie które porówna mi strukturę 2 baz danych

tak, w zależności jaka to baza, różne będą narzędzia.
dla Oracle używałem graficznego menagera z jednego z natywnych toolsów (nie pamiętam nazwy w tym momencie)
do mysql najlepiej mi się sprawdza mysqldump struktury i diff.

Ja może i zaproponuję coś śmiesznego ale wydaje mi się skutecznego, najpierw export do pliku (jakiś format miły w odbiorze dla człowieka) i zwykłe porównanie w pliku, ew. użycie jakiegoś do porównywania kodu, takie narzędzia większość z nas ma w ide, a mysql'owe porównywarki itp jak służą do jednokrotnej zabawy to strata czasu na instalację i w drugą stronę - w moim odczuciu.