Przy robieniu wlasnego skryptu php gdzie i co mam umiescic
aby mozna bylo ustawic CHMODy

A gdzie chcesz te chmody ustawiać? i po co chcesz to robić?

No bo pisze skrypt uploadu, a sa problemy z chmodami w katalogach i plikach, ale
ja sie nie znam i nie wiem jak to zrobic (u mnie problemów nie ma bo mam na loclhoscie)

http://pl.php.net/manual/pl/function.chmod.php

Ustaw na katalog, do którego uploadujesz.