Niektóre edytory html czy php wstawiają co linijkę drugą pustą, co mnie osobiście denerwuje. Niestety ZEND czasem mi to robi, nie wiem jak to w nim wyłączyć.

Ale przede wszystkim, mam sporo plików, które te puste linie mają, jest coś dzięki czemu można się tego pozbyć?

Nawet w PHP możesz się tego pozbyć: \r\n\r\n (przy układzie Windowsowym) -> \r\n

Osobiście programu nie znam

hmmm... sed?

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
cp file.php{,.bak}; cat file.php | sed '/^$/d' > file.php
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

Mógłbyś sobie do tego napisać skrypt który by Ci to zrobił dla każdege pliku php w Twoim projekcie.

//Edit: Gdzie się podziały znaczniki code?