Czy da rade jakoś przekazać połaczenie (uworzone np. za pomoca mysql_connect) do obiektu PDO, by ten nie tworzyl nowego tylko operowal na tym samym? Jezeli nie to czy przy dwoch polaczeniach straty wydajnosciowe beda duze?

nie

hmm a co z drugim zapytaniem, tj. kwestia wydajnosci?

no wiadomo, wzrośnie i to sporo; każde nowe połączenie wymaga logowania etc. Najlepiej by było gdybyś korzystał z jednego połączenia. Jeśli jednak upierasz się żeby wykorzystywać 2 różne typy to napisz własną klasę ;-)