Tak jak to robiłeś wcześniej. Przykład:
<?php
mysql_query("GRANT SELECT , CREATE , DROP , INSERT , UPDATE , DELETE , INDEX , ALTER , CREATE TEMPORARY TABLES , CREATE VIEW , SHOW VIEW , CREATE ROUTINE, ALTER ROUTINE, EXECUTE ON `$database` . * TO '$username'@'localhost';"); ?>
$database - nazwa bazy.
$username - nazwa użytkownika.
PS: Przykład który podałem nadaje uprawnienia specyficzne dla konkretnej bazy danych, a nie globalne. Także w phpMyAdmin ciągle będzie uprawnienia "USAGE". Dopiero jak przejdziesz do edycji uprawnień zauważysz, że zostały zmienione. ;-)